Písemně doložené počátky osídlení obce a i vinařství v Čejkovicích spadají do 13. století. První zmínka o Čejkovicích je z roku 1248. Tehdy břeclavský údělník Oldřich ze Sponheimu daroval čejkovickým templářům čtyři grunty v Rakvicích. Příchod templářů do země je datován rokem 1232. K tomuto datu se vztahuje rovněž budování čejkovické gotické tvrze a příslušného sklepení. V té době zde často sídlil templářský komtur EKKO. Téměř 100 let před panováním českého krále Karla IV. začíná v obci systematicky pěstovat vinnou révu francouzský templářský řád. V roce 1309 se Jindřich z Lipé zmocnil majetku templářů. Po odchodu rodu z Lipé se v Čejkovicích střídají rody z Kunštátu, ze Štemberka, ze Zástřizl, z Lomnice a z Víckova. V roce 1540 došlo k obnovení trhového a hrdelního práva. V roce 1624 přešel majetek na řád – tovaryšstvo Ježíšovo (Jezuité). Po zrušení řádu roku 1773 přešel majetek do Studijního fondu. V r. 1785 navštívil Čejkovice rakouský císař Josef II. a na přímluvu starosty zrušil své nařízení o pohřbívání v plátně.
 
Průměrná zdejší roční teplota vzduchu je 9,2°C, meteorologicky náleží Čejkovice k nejteplejším místům České republiky. Průměrná nadmořská výška území je 208 m nad mořem.Oblast obce patří do obvodu teplomilné květeny. Dvě chráněná území republikového významu (např. Natura 2000) dokládají důležitost této oblasti k zachování vzácných druhů rostlin a živočichů.